Сравнительно рано кишечная трубка образует веретенообразное расширение, из которого впоследствии развивается желудок. Непосредственно за желудочной частью канала происходит образование печени и поджелудочной железы.
Печень развивается из продольного желобообразного выпячивания кишечной трубки, которое, разрастаясь далее в скопление клеток, превращается затем в зачаток органа. Таким же выпячиванием кишечной трубки является и поджелудочная железа.
Большой выступ, из которого далее развивается зачаток слепой кишки. Так намечается разделение тонкого и толстого отделов кишечника. Оба эти отдела продолжают расти неравномерно. Особенно интенсивно увеличивается в длину тонкий отдел, который извивается и образует ряд петель.
На ранних стадиях развития в конечный отдел кишечной трубки, называемой полостью клоаки, впадают также выводные протоки выделительных и половых органов. Позднее клоака разделяется перегородкой и в ней обособляются мочеполовой отдел и прямая кишка. Прорыв клоачной перепонки кишечного отдела приводит к образованию заднепроходного отверстия.
Таким образом, ход развития пищеварительной системы в онтогенезе в общем соответствует изменениям этой системы в филогенезе.